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EcoRV
La séquence d'ADN reconnue par EcoRV et, en vert, le site de coupe.
EcoRV
L'enzyme EcoRV liée à l'ADN cible.

EcoRV (Prononcé: R eco cinq) Il est Type endonucléase seconde isolé à partir de lignées spécifiques Escherichia coli. souvent 'enzyme Il est également défini Eco32I.

en biologie moléculaire, EcoRV est enzyme de restriction couramment utilisé, capable de produire des coupes horizontales et extrémités non cohérentes. Il reconnaît la séquence palindrome 5'-GAT | ATC-3 ', l'exploitation d'une coupe sur la ligne horizontale. La séquence complémentaire est donc 3 'CTA | TAG-5'.

structure

La structure de EcoRV a été définie par Cristallographie aux rayons X, pour obtenir la conformation en association avec la séquence cible.[1]

L'enzyme à l'intérieur (noyau) Se compose d'une feuille β 'il consiste en cinq filaments flanquées par des hélices alpha. cette noyau Il est conservé dans tous les types endonucléase seconde. Il présente également un sous-domaine NTD dimérisation, formé par une courte hélice α, une feuille de papier à deux brins antiparallèles et une longue hélice α. Cette sous-domaine est seulement présent dans le EcoRV et PvuII.[2]

Mécanisme d'action

Comme EcoRI, EcoRV forme également un homodimère en solution avant d'attacher et de réduire sa séquence d'ADN spécifique.[3] Au début, l'enzyme se lie faiblement à un ADN spécifique d'un site, alors qu'il se déplace le long de l'ADN de façon aléatoire la recherche du site,[2] qui reconnaît avec une spécificité extrême.

La liaison de cette enzyme provoque un changement conformationnel dans l'ADN, ce qui induit une flexion d'environ 50 °. L'effet de cette courbure est une plus grande accessibilité de la gorge mineure et une compression de la plus grande, avec des conséquences sur la phosphodiester, qui est à approchèrent site actif enzyme et la coupe. La coupe ne nécessite donc pas la présence de ATP.[2] EcoRV est la seule enzyme de restriction connue pour générer un changement de conformation de l'ADN de cette entité.[2]

buts

EcoRV est souvent utilisé en solution albumine de sérum bovin, pour faire fonctionner un sous-clonage, à savoir par insertion d'un fragment gène intérêt dans un vecteur comme plasmide.

notes

  1. ^ Structure cristalline de EcoRV: Code APB [1].
  2. ^ à b c Pingoud A, Jeltsch A, Structure et fonctions des endonucléases de restriction de type II, en Nucleic Acids Research, vol. 29, nº 18, 2001, pp. 3705-3727, PMID 11557805.
  3. ^ Bitinaite J, Wah D A, A Aggarwal K, Schildkraut I, Structure dimérisation Fokl est nécessaire pour le clivage de l'ADN, en Proc Natl Acad Sci USA, vol. 95, nº 18, 1998, pp. 10570-10575, PMID 9724744.

Articles connexes

  • EcoRI, une autre enzyme de restriction de Escherichia coli.