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modeleur est un programme ordinateur utilisé dans la production de modèles d'homologie des deux structures tertiaires que les structures quaternaire (bien que ce dernier cas est plus rare) protéine . Il met en œuvre une technique inspirée de RMN, connu sous le nom la satisfaction des contraintes spatiales, grâce à quoi un ensemble de critères géométriques sont utilisées pour créer une fonction de densité de probabilité pour le calcul de la position de chaque atome dans la protéine. La méthode est basée sur une séquence de apport alignement (* format du fichier .ali) entre la séquence d'acides aminés qui est à modéliser et le modèle de protéine dont la structure a été résolue.

Le programme comprend également une fonctionnalité limitée à la prédiction des régions de boucle de la structure des protéines au moyen de Méthode ab initio, même si les boucles sont souvent même très variables entre les protéines homologues, et ont donc une structure difficile à prévoir par la modélisation d'homologie.

Modéliste à l'origine a été écrit et est actuellement maintenu par Andrej Sali à l'Université de Californie, San Francisco. Bien qu'il soit disponible gratuitement pour une utilisation académique, l'interface utilisateur graphique s et les versions commerciales sont distribués par Accelrys. Une interface graphique librement disponible pour Modeleur appelé EasyModeller a été développé par Kuntal Kumar Bhusan à l'Université de Hyderabad, en Inde. Une nouvelle version de EasyModeller (EasyModeller 2.0) a été récemment publié et disponible en téléchargement gratuit.

Articles connexes

liens externes

notes

  • Sali A, Blundell TL. (1993). la modélisation de la protéine comparative par satisfaction de contraintes spatiales. J. Mol. Biol. 234, 779-815.
  • Marti-Renom MA, Stuart A, Fiser A, Sanchez R, F Melo, Sali A. (2000). la modélisation de la structure de la protéine comparative des gènes et des génomes. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 291-325.
  • A Fiser, A. Sali (2003) Modeleur: génération et le raffinement des modèles de structure de protéines à base d'homologie. Méthodes Enzymol. 374: 461-91